По време на преврата на 9 юни, Стамболийски се намира в родното си село Славовица и не успява да реагира адекватно. Междувременно в страната избухват стихийни селски вълнения в подкрепа на Стамболийски, останали в историята като Юнско въстание. Най-голяма сила те придобиват в Плевенско и Шуменско. Плевен дори е обсаден и частично завзет от селските дружини. В крайна сметка, бунтовете са потушени от военния гарнизон и верни на новата власт в София сили.
Сам Стамболийски организира няколко хиляди селяни и местни оранжевогвардейци и прави опит за обсада на Пазарджик. Заповед за нападение не е дадена. Силите са неравни и след като местният гарнизон не се подчинил на законния министър-председател, на 11 юни Стамболийски разпоредил на селяните да се пръснат, за да не се стигне до по-нататъшни кръвопролития.Междувременно гвардията под ръководството на Стамболийски, залавя и убива по пътя за Пазарджик неколцина поддръжници на превратаджиите, както и селяни отказали да ги подкрепят. Труповете им са обезобразени, така че когато пристигат близките им, за да ги погребат, не могат да ги разпознаят. Това изостря до крайност настроенията срещу Стамболийски.
Още на 10 юни военният министър Иван Вълков дава устна заповед на капитан Иван Харлаков Стамболийски да бъде заловен и убит и той заминава с група военни за Пазарджик, където операцията по залавянето му вече се ръководи от полковник Славейко Василев. Стамболийски прави опит да се добере до двореца в Кричим, но на 13 юни е заловен при село Голак, след което е отведен в Пазарджик. По пътя, тълпи от местни селяни правят неколкократно опити да спрат конвоя и да линчуват на място министър-председателя. Славейко Василев успява да избегне саморазправата. В Пазарджик Василев отказва да предаде Стамболийски на Иван Харалаков. Спорът между двамата е под чия команда той да бъде отведен в София, като Василев е осигурил за целта специален влак, който чака на гарата. След нареждане по телефона Стамболийски да бъде предаден на Харлаков, последният го качва на автомобил и го отвежда обратно във вилата му в Славовица. Там той е убит по най-жесток начин от група членове на ВМРО, водена от скопския войвода Величко Велянов.Тялото му е обезобразено до неузнаваемост и четниците се гаврят с него.
